Por un lado, los átomos son la unidad básica de la materia y van de 0,1 a 0,5 nanómetros de ancho. Son tan pequeños que ni siquiera pueden ser vistos por medio de un microscopio común. Hay muchos tipos de átomos y cada uno tiene un número, una masa y un tamaño único. Las agrupaciones de átomos de un mismo tipoconstituyen los elementos químicos.
Un elemento es una sustancia química pura que cuenta con átomos de la misma clase y se distingue por su número atómico. El número atómico deriva a partir de la cantidad de protones presentes en el núcleo de los átomos del elemento.Hasta el momento se han descubierto 118 elementos y han sido divididos en: metales, metaloides y no metales. Cada elemento tiene su propio conjunto de propiedades y la mayoría se encuentran en la tierra; mientras que unos pocos se han desarrollado a partir de reacciones nucleares. Todos los elementos pueden encontrarse en la tabla periódica, listados de acuerdo a su número atómico.
Los átomos de cada elemento están compuestos por protones, neutrones y electrones. Los protones y neutrones se encuentran en el núcleo, situado en el centro de los átomos, mientras que los electrones giran a su alrededor y están unidos al núcleo gracias a la fuerza electromagnética. Los electrones poseen una carga eléctrica negativa y es por esto que se sienten atraídos hacia el núcleo, ya que los protones tienen carga eléctrica positiva. Por otra parte, los neutrones no tienen carga eléctrica.
Los átomos de diferentes elementos se unen y forman moléculas. Esto sucede por medio de reacciones químicas. Por ejemplo: dos átomos de hidrógeno y uno de oxígeno, se combinan para hacer una molécula de agua. Por tanto, una molécula es la cantidad más pequeña que puede existir de una sustancia. Está constituida por átomos que son diferentes entre sí y, por esta razón, se pueden separar cada uno de ellos. Sin embargo, dichos átomos son indivisibles entre sí.
Las moléculas pueden tener propiedades muy diferentes de las que tienen los elementos que la componen. Por ejemplo: el agua se comporta de manera muy diferente a como se comporta individualmente el oxígeno y el hidrógeno.
Por otra parte, un sólo átomo no puede existir de manera independiente en la naturaleza (sin unirse algo). Por ejemplo, nunca encontraremos un sólo átomo de oxígeno, siempre está unido a algo (oxígeno=O2). Cuando se forman las moléculas, éstas sí pueden existir de manera independiente en la naturaleza; por lo que siempre podemos encontrar una molécula de oxígeno, carbono o agua.
Los átomos de las moléculas están adheridos entre sí de una manera particular, dependiendo de la cantidad de enlaces que el átomo pueda hacer. Debido a esto las moléculas pueden tener formas hexagonales, pentagonales…
Finalmente, las moléculas tienden a agruparse y su formación depende de su estado. Por ejemplo, en un estado gaseoso, las moléculas suelen andar volando alrededor. En estado líquido, las moléculas tienden a estar vagamente agrupadas; razón por la cual se pueden mover mientras que, en estado sólido, las moléculas están más apretadas o juntas y sólo pueden vibrar.

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