O processo de fagocitose, realizado principalmente por neutrófilos e macrófagos, pode ser didaticamente dividido em 3 etapas.
1. RECONHECIMENTO. Os fagócitos (células de defesa que têm a capacidsde de realizar a fagocitose), conseguem identificar qual célula é uma bactéria, através de alguns marcadores em sua superfície. O processo de opsonização tem papel importante nesta etapa, uma vez que torna as bactérias mais "visíveis" às células de defesa.
2. ENCAPSULAMENTO. Uma vez identificada a bactéria, esta é englobada pela célula de defesa e fica "presa" em seu interior, em uma cavidade denominada de fagossomo.
3. LISE. Os fagócitos utilizam algumas enzimas, entre elas os lisossomos, que degradam e destroem as bactérias, sendo eliminados ao meio extra-celular. Eventualmente, essas substâncias, no meio externo, podem causar destruição de tecidos, originando o pus.
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